上場された株式の株券（上場投資証券および上場優先出資証券を含む）をすべて廃止して、株主権の管理を特定の口座で管理することで、株式のペーパーレス化を図ることである。

2009（平成21）年1月5日から実施された。

株主権を管理する口座は、証券保管振替機構（略称「ほふり」）および証券会社等に開設され、 1．株式等の売買は証券保管振替機構を通じた口座間の振替えによって
2．議決権、配当受領権などは証券保管振替機構からの通知によって作成される株主名簿に従って それぞれ管理される。

なお、株券電子化の実施前に株券を証券会社等を通じて証券保管振替機構に預託した株主については、特別の手続きなしにその所有する株券が電子化される。また、株券を自ら保管している株主については、発行会社が株主名簿にもとづいて信託銀行等に自動的に特別口座を開設することによってその株券が電子化される が、売却に当たっては、株主は、証券会社等に新たに口座を開設する必要がある。

株券等の有価証券を保管振替機関が集中的に保管し、株券等の売買や配当金の受取りなどを口座の記載・記録によって行なう制度をいう。

しかし、株券電子化によってこの制度は発展的に廃止され、2009（平成21）年1月5日からはすべての株券等は口座によって管理され、振替機関による口座間の振替えによって売買されることとなった（「株券電子化」を参照）。

保管振替制度は、顧客が株券等を証券会社等に預託し（保護預り）、証券会社等は、顧客の承諾を得て預託された株券等をさらに保管振替機関に預託するという仕組みによって運営されていた。保管振替機関は、唯一、証券保管振替機構（ほふり）のみが指定されていたが、株券等電子化後の振替機関も証券保管振替機構のみ指定を受けている。

保管振替制度のもとでは、各顧客は顧客口座簿によって管理され、 1．株券等の売買は口座簿の記載内容の変更によって
2．配当、議決権などの権利行使は口座簿に従って顧客名が株式会社等に通知されること（実質株主等の通知）によって なされていた。株券電子化は、このような制度の活用が大幅に進展した結果実現したのである（08年3月末には、全株券の84％が証券保管振替機構によって管理されている）。

なお、この制度の対象となる有価証券は、金融商品取引所に上場されている株式、新株予約権、新株予約権付社債、投資口、優先出資、投資信託受益権およびそれらに準ずるものであって、発行者の同意を得たものとされている。

不動産投資信託における投資法人において、投資主であることを表す証券のこと。
普通の株式会社でいえば「株券」に相当する。

投資法人は、投資主で構成される法人である。投資主の権利は、保有する投資口に由来している。普通の株式会社でいえば、投資主は「株主」、投資口は「株式」に相当する。

このような投資主の地位（すなわち投資口の権利）を表した証券が、「投資証券」と呼ばれている。

投資法人は、法人設立の際または新投資口の発行の際に、投資証券を新たに発行して、投資主に交付する。
また、証券取引所で不動産投資信託を売買する場合には、不動産投資信託を購入した投資主は、以前の投資主から、既存の投資証券を受け渡されることになる。

ただし実際には、投資証券そのものの交付や受け渡しは原則として行なわれず、「証券保管振替機構」において投資証券が一括保管されることになっている（詳しくは保管振替制度へ）。