フラット35の利用において、省エネルギー性能や耐震性・バリアフリー性などに優れた住宅の取得については借入れ金利を一定期間引き下げる制度をいう。
省エネルギー性能や耐震性、バリアフリー性、耐久性等に優れた住宅を取得する場合の「フラット35S（ZEH）」「フラット35S（金利Aプラン）」「フラット35S（金利Bプラン）」の種類がある。なお、優良性の基準は複数あり、それに応じて、金利の引下げ期間、金利引下げ幅、融資率が異なる。
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