建設住宅性能評価書が交付された住宅について、建設工事の請負契約または売買契約に関する紛争が発生した場合に、紛争の当事者の双方または一方からの申請により、紛争のあっせん・調停・仲裁の業務を行なう機関を「指定住宅紛争処理機関」という（住宅の品質確保の促進等に関する法律（品確法）第67条）。

指定住宅紛争処理機関になることができるのは、各都道府県の弁護士会又は一般社団法人若しくは一般財団法人に限定されている（住宅の品質確保の促進等に関する法律（品確法）法第66条）。

このような指定住宅紛争処理機関の利用に関して次の点が重要と思われる。

1．建設住宅性能評価書が交付されている住宅であることを要する。
住宅性能評価を受けていない住宅は、指定住宅紛争処理機関による紛争処理を申請することができない。
また、住宅性能評価書には設計住宅性能評価書・建設住宅性能評価書の2種類が存在するが、設計住宅性能評価書だけが交付されている場合にはこの紛争処理を申請することができない。

2．紛争処理を申請する際の費用は原則として1万円。
住宅品質確保法第69条および同法施行規則第104・105条により、紛争処理を申請する際の手数料は1万円とされている。ただし、鑑定等に要する費用を紛争の当事者が別途負担するように指定住宅紛争処理機関が定めることも可能とされている。

3．紛争処理の対象は、評価書に記載された事項に限定されない。
指定住宅紛争処理機関が扱う紛争の範囲は、建設住宅性能評価書に記載された事項に限定されない。例えば、住宅の欠陥を原因として居住者に健康被害が発生したような場合には、その住宅の欠陥の物的損害だけでなく、健康被害による損害についてもあっせん・調停・仲裁を申請することができる。
また例えば、共同住宅の建設住宅性能評価書において、重量床衝撃音などの「音環境に関すること」を全く検査せず、音環境の評価結果が存在していない事例であっても、上階からの衝撃音が大きく生活に支障をきたすような場合には、その住宅の欠陥に対してあっせん・調停・仲裁を申請することが可能である。

4．民事裁判への移行も可能。
あっせん・調停には和解契約としての効力が発生し、仲裁には民事訴訟の確定判決と同じ効力が発生するとされている。 しかし、そもそも紛争当事者の双方の合意がなければ、あっせん・調停・仲裁を行なうことはできない。
従って、紛争当事者の双方が合意に至らない場合には、紛争当事者は通常どおりの民事訴訟を提起することができる。また、指定住宅紛争処理機関による紛争処理を申請しないで、初めから民事訴訟を提起することも当然可能である。