2003（平成15）年1月1日以降の上場株式・店頭株式・上場不動産投資信託の譲渡益等に対して適用される所得税等の仕組みのこと。
「申告分離課税への一本化」、「特定口座」、「譲渡損失の繰越控除」を主な内容としている。
1．申告分離課税への一本化
2002（平成14）年末までは、株式譲渡益に対する所得税の課税方法は、売却代金の1.05％の納税ですべて完結するという「源泉分離課税」の制度が存在していた（詳しくは源泉分離課税へ）。
しかし、「源泉分離課税」の制度は2002（平成14）年末をもって廃止されたため、2003（平成15）年1月1日以降の上場株式・店頭株式・上場不動産投資信託の売却による利益については、個人投資家が自ら確定申告を行なって納税するという「申告分離課税」の制度のみが適用されている。
この申告分離課税の制度では、上場株式・店頭株式・上場不動産投資信託の売却益に対して、他の所得と分離して、20％（所得税15％、住民税5％）の税率で課税される。
ただし、2003（平成15）年1月1日から2011（平成23）年12月31日までの時限的な優遇措置として、この分離課税の税率は10％ （所得税7％、住民税3％）へと軽減されている。
2．特定口座
上記のように申告分離課税が導入されたため、上場株式等への投資をする個人投資家は、必ず税務署に対して確定申告書を提出しなければならない。しかし、確定申告の手続きは非常に手間がかかり、個人投資家に大きな負担を強いるものであった。
そこで、個人投資家の取引口座を持っている証券会社が、取引口座の売買データをもとにして、個人投資家の代わりに税務署に対して確定申告を行なうなどの簡便な申告制度が導入された。これを「特定口座」と呼んでいる。
個人投資家が自己の取引口座を「特定口座」に指定すると、証券会社では毎月の株式等の売買履歴をもとにして毎月の売却益を計算し、証券会社が個人投資家の取引口座から、売却益に対応する税額（売却益の10％）を自動的に徴収（天引き）する。
ただし特定口座には、毎月の売買履歴から売却益を計算するだけにとどめて、証券会社による税額の天引きを行なわないという方式のものも存在する。
前者は「特定口座（源泉徴収あり）」、後者は「特定口座（源泉徴収なし）」として区別されている（詳しくは特定口座へ）。
3．上場株式等の譲渡損失の繰越控除
上場株式・店頭株式・上場不動産投資信託の取引に係る売却損を、損失が生じた翌年以降の3年間にわたって、株式等に係る譲渡所得の金額から控除できるという制度。
2003（平成15）年1月1日に導入された新制度である（詳しくは上場株式等の譲渡損失の繰越控除へ）。