上場株式・店頭株式・上場不動産投資信託の売却益（譲渡所得）に対して、個人投資家が給与所得などのほかの所得と分離して、独自に税額を計算し、確定申告を行なって納税すること。
上場株式等の売却益は、給与所得・事業所得・不動産所得とは別に、独自の「譲渡所得」として課税される仕組みになっており、これを「分離課税」という。
分離課税の場合には、給与所得等の額にかかわらず、税率は原則20.315％（所得税および復興特別所得税（※）15.315％、住民税5％）である。また、源泉徴収口座（後述）を選択した場合以外は、必ず確定申告を行なわなければならない。
※2013（平成25）年から2037（令和19）年までは、復興特別所得税として各年分の基準所得税額の2.1％を申告・納付しなければならない。
また、申告分離課税において、個人投資家が自ら確定申告を行なうという手続き負担を軽減するために「特定口座」の制度（金融商品取引業者等が年間の譲渡損益を計算する制度）が設けられている。特定口座には、証券会社が納税まで代行する「源泉徴収口座」と、証券会社が売却益の計算だけを行なう「簡易申告口座」がある。
なお、申告分離課税制度は、山林所得、土地建物等の譲渡による譲渡所得、一定の先物取引による雑所得等についても適用されている。