所得税の課税に当たって、住宅ローンの残高の一部を税額から控除する制度をいう。一定の要件に該当する住宅を居住の用に供した年以降13年間（一定の住宅については10年間）にわたって、当該住宅に係るローン残高の一部を各年分の所得税額から控除できる。
住宅借入金等特別控除制度ともいわれ、これにより住宅取得等のための借入金に係る負担が軽減される。
対象となるのは、床面積、入居年その他についての一定の要件を満たす子育て世帯・若者夫婦世帯の住宅の新築、購入、増改築等のための借入金等（その住宅の敷地を取得するための借入金等を含む）の残高がある場合である。また、所得が一定の額以下でないと適用されない。
控除期間は入居後13年間（一定の場合は10年間）であって、控除額は年末の借入金残高の0.7％（2021年までに入居の場合は1%）であるが、控除の対象となる借入金の残高について、住宅の品質（認定長期優良住宅、認定低炭素住宅等であるかどうか）、入居年等に応じて限度額が決められている。
この特別控除の適用は、2025（令和7）年12月31日までである。
なお、この控除と、居住用財産の買い換え等の場合の譲渡損失の損益通算および繰越控除制度とは併用可能である。