上場された株式の株券（上場投資証券および上場優先出資証券を含む）をすべて廃止して、株主権の管理を特定の口座で管理することで、株式のペーパーレス化を図ることである。
2009（平成21）年1月5日から実施された。
株主権を管理する口座は、証券保管振替機構（略称「ほふり」）および証券会社等に開設され、
1．株式等の売買は証券保管振替機構を通じた口座間の振替えによって
2．議決権、配当受領権などは証券保管振替機構からの通知によって作成される株主名簿に従って
それぞれ管理される。
なお、株券電子化の実施前に株券を証券会社等を通じて証券保管振替機構に預託した株主については、特別の手続きなしにその所有する株券が電子化される。また、株券を自ら保管している株主については、発行会社が株主名簿にもとづいて信託銀行等に自動的に特別口座を開設することによってその株券が電子化される が、売却に当たっては、株主は、証券会社等に新たに口座を開設する必要がある。