長期優良住宅として認定された住宅（認定長期優良住宅）を対象とした税制上の優遇措置。その内容は、次の3つである。
１ 住宅ローン減税の上乗せ
認定長期優良住宅に対する住宅ローン減税について、控除対象借入金限度額および床面積要件を、一般住宅よりも優遇する（子育て世帯・若者夫婦世帯はさらに優遇）。
２ 所得税額の控除（投資型減税）
認定長期優良住宅の新築・取得等において、標準的な性能強化費用（通常の住宅よりも上乗せして必要となる費用）の10%を所得税額から控除する（居住年に応じて控除対象額および控除額に限度がある）。
３ 登録免許税・不動産取得税・固定資産税の軽減措置
認定長期優良住宅に対する登録免許税・不動産取得税・固定資産税の課税について、次のような軽減措置を適用する。
・登録免許税：税率を一般住宅の特例よりもさらに引き下げる。
所有権保存登記 0.15%→0.1%
所有権移転登記 0.3％→マンション0.1％、戸建て0.2％
・不動産取得税：課税標準からの控除額を一般住宅の特例よりも増額する。
1,200万円→1,300万円
・固定資産税：軽減期間を一般住宅特例よりも延長する。
戸建て住宅 3年→5年、中高層住宅 5年→7年
ただし、これら1〜3の特例の適用については期限が定められているので、具体的な期限について確認が必要である。