他の所得と合算しないで課税することをいう。
源泉分離課税（源泉徴収によって納税が完了）と申告分離課税（確定申告において分離して税額を計算）とがある。
所得税についてみれば、それぞれ次のような所得が分離課税の対象とされている。
1．源泉分離課税
退職所得、利子所得（総合課税の対象となるものを除く）、特定目的信託のうち社債的受益権の収益の分配に係る配当、私募公社債等運用投資信託の収益の分配に係る配当、懸賞金付預貯金等の懸賞金等、一定の金融類似商品の補てん金等、一定の割引債の償還差益
2．申告分離課税
山林所得、土地建物等の譲渡による譲渡所得、株式等の譲渡所得等および一定の先物取引による雑所得等、上場株式等の配当所得（申告分離課税を選択した場合）