区域を指定して規制・制度の特例や税制・財政・金融措置を総合的に適用する制度、またはその制度によって指定された区域をいう。
この制度は、実現可能性のある区域を限定し、そこに国と地域の政策資源を集中して、規制・制度の特例と税制・財政・金融上の支援を総合的に実施することによって包括的・戦略的な政策課題の設定・解決を図ることが目的とされる。
総合特別区域には、国際戦略総合特区（経済成長を牽引する産業・機能の集積を形成）および地域活性化総合特区（地域資源を活用した地域力の向上）の2つのパターンがある。いずれも、
1．地方公共団体が地域協議会の協議等を経て指定を申請
2．内閣総理大臣が総合特別区域推進本部の意見を聴いて指定
3．総合特別区域計画の作成・認定（特例措置・支援措置の対象事業について記載）
という手順を経て実現する。
適用される特例・支援措置としては、
1．建築基準法の特例などの法律や政省令等の特例および条例委任の特例（規制・制度の特例）
2．国際競争力強化のための法人税の軽減等（税制上の支援）
3．各府省庁予算制度の重点的な活用等（金融上の支援）
4．総合特別区域支援利子補給金の支給（金融上の支援）
などがある。