民法によって設立されていた社団法人、財団法人など、公益に関する非営利を目的とする法人について、その設立、運営等のしくみを抜本的に改正することをいう。改正のための法律などが整備された後、新たな制度は2008年12月1日から施行された。
改革の目的は、（1）民間による非営利目的の活動の発展を促進すること、（2）従来の民法法人制度の問題点（主務官庁の裁量の不透明性など）を解決することであるとされている。
この改革によって、従来の民法法人制度が採用していた許可主義（主務官庁の許可によって設立、免許主義ともいう）が、準則主義（遵守すべき法規に適合すれば当然に法人格を付与）に改められた。また同時に、新しい制度によって設立された法人（一般社団法人または一般財団法人）のうち、公益性について一定の要件を満たすことが認定されたもの（公益社団法人または公益財団法人）については税制上「特定公益増進法人」として優遇される措置も定められた。
これによって、従来の社団法人及び財団法人は廃止され、特別の法律によらない一般的な法人は、一般社団法人または一般財団法人、公益社団法人、公益財団法人の4つに分類されることとなった。
なお、従来の社団法人または財団法人は、2008年12月１日に自動的に特例民法法人に移行し、その後5年以内に、公益社団・財団法人への移行、一般社団・財団法人への移行、解散のいずれかを選択することとされた。また、有限責任中間法人は、同日に自動的に一般社団法人に移行した。