所得税を給与等の支払者が徴収して納付するしくみ。
源泉徴収は、所得者自身が税額を計算し申告して納付する申告納税制度の特例で、給与、利子、配当、報酬などの所得について適用される。これらの所得の支払者は、支払額に応じて所得税額を計算し、支払を受ける者に対しては支払額からその所得税額を差し引いて支払い、源泉徴収票を交付し、徴収した所得税額は国（税務署）に直接納付する。
また、復興特別所得税についても所得税と同様に源泉徴収のしくみが適用されている。
源泉徴収された所得税額は、源泉分離課税される利子所得等を除いて、年末調整や確定申告によって精算される。
給与等の支払者は、源泉徴収した所得税額を税務署に納付する義務を負うほか、個人事業の開業や給与支払事務所等の開設などに当たっては税務署に届け出なければならない。