高さ60m以下、かつ、一定の規模以上等の建築物が確認検査を受ける場合においては、国土交通大臣が定める構造計算方法に関する基準（「特定構造計算基準」および「特定増改築構造計算基準」）に適合するどうかについて、都道府県知事または都道府県知事が指定する構造計算適合性判定機関の判定を受けなければならない（建築基準法第6条の３及び第20条第1項第2号イ、同項第3号イ）。この判定が、構造計算適合性判定であり、建築物の種類によって、保有水平耐力計算、許容応力度等計算等が求められている（平成19年国土交通省告示第592号）。なお、高さ60m以上の超高層建築物については、別途、限界耐力計算について国土交通大臣が認定する方法によることとなっており、本判定制度の対象外である。
本制度は、いわゆる「耐震偽装事件」を受けた2006（平成18）年の建築基準法改正により創設され、翌年に施行された。
その後、2014（平成26）年の建築基準法改正では、それまで確認検査機関経由で行なていた判定申請を、都道府県知事または構造計算適合性判定機関で直接行なえることとし手続きの円滑化を図ったほか、一定の技術等を有する者（構造設計一級建築士又は登録特定建築基準適合判定資格者等）が確認審査を行う場合には、比較的容易な構造計算について判定の対象外とした。
さらに、2022（令和４）年の「脱炭素社会の実現に資するための建築物のエネルギー消費性能の向上に関する法律等の一部を改正する法律」により、木造建築物の建築確認検査の対象の見直し、小規模な伝統的木造建築物について一定の場合に構造計算適合性判定を不要とする等の規制緩和が行なわれている。改正法施行日は、2025（令和7）年4月1日。