市街化調整区域では、その規模にかかわらず、開発行為について知事（指定都市等では市長）の許可を受けなければならないとされている。
市街化調整区域は市街化を抑制する区域であるので、小規模開発についても、立地規制の観点から開発許可の対象としているのである。
ただし例外として、次のような開発行為については、開発許可を受ける必要がないものとされている。
1．農林漁業者の住宅や、農林漁業用建築物（畜舎、蚕室、温室、堆肥舎、サイロなど）を建築するための開発行為
2．市街化調整区域内に居住している者の日常生活のため必要な物品の販売、加工、修理等の業務を営む店舗等（延床面積が50平方メートル以下）を新築する目的で、その市街化調整区域内に居住している者が自らその業務を営むために行なう100平方メートル以下の開発行為
3．鉄道の施設、医療施設、小中学校、高校、公民館等の公益上必要な建築物の建築のために行なう開発行為等