水質汚濁防止法によって都道府県知事が毎年度実施している地下水質の測定調査をいう。
この地下水モニタリングは、土壌汚染対策法に定める土壌汚染状況調査を実施する対象となる土地を確定するうえで重要な役割を担っている（詳しくは「健康被害が生ずる恐れのある土地の調査」）。
この地下水モニタリングは、次の3種類の調査で構成され、その結果は毎年公表されている。
1．概況調査
各地域の地下水質の状況を把握するための井戸の水質の調査。原則として前年度の対象井戸とは異なる井戸を調査する。
2．汚染井戸周辺地区調査
概況調査等によって発見された地下水汚染がある場合に、その汚染範囲の拡大・縮小を確認するために行なわれる調査。
3．継続監視調査
汚染井戸周辺地区調査により水質汚染が確認された地域に関して、汚染を継続的に監視するために行なう水質の調査。