土壌汚染対策法に基づく土壌汚染状況調査の実施を担当する組織。環境大臣が指定する。法律上の正式名称は「指定調査機関」である。
土壌汚染調査機関として指定を受けるための要件は「土壌汚染対策法に基づく指定調査機関及び指定支援法人に関する省令」に定められている。主な要件は次のとおりである。
・経理的基礎：土壌汚染状況調査等の業務を適確かつ円滑に遂行するために必要な人員を確保する能力を有していることなど
・技術的能力：土壌汚染状況調査等に従事する他の者の監督に当たる技術管理者の人員が適切に配置されていること
・体制の整備：土壌汚染状況調査等の実施を依頼する者との取引関係その他の利害関係の影響を受けないことなど