汚染土壌について、地下水汚染を経由した健康被害の恐れがある場合における土壌汚染の除去等の措置の一つ。
汚染土壌を当該土地から掘削し、当該土地に地下水の浸出を防止するための構造物を設置し、さらにその構造物の内部に掘削した汚染土壌を埋め戻すことである。
遮水工の上部は十分な遮水効力と十分な強度を保つ覆いを施し、また上部の利用用途によりさらに覆土する場合がある。
なお遮水工封じ込めを行なう際には、掘削した汚染土壌をいったん指定区域の近傍の土地に仮置きし、掘削した場所に遮水工を施して後に汚染土壌を埋め戻すこととなる（環境省の「土壌汚染対策法ガイドライン」を参考とした）。